Desain primer DNA mitokondria Cytochrome Oxidase II (COII) untuk deteksi DNA babi lokal (Sus Scrofa Domesticus) sebagai salah satu syarat kehalalan pangan

Pangesti, Elsa Ainun (2022) Desain primer DNA mitokondria Cytochrome Oxidase II (COII) untuk deteksi DNA babi lokal (Sus Scrofa Domesticus) sebagai salah satu syarat kehalalan pangan. Sarjana thesis, UIN Sunan Gunung Djati Bandung.

Preview	Text (COVER) 1_cover.pdf Download (70kB) | Preview
Preview	Text (ABSTRAK) 2_abstrak.pdf Download (67kB) | Preview
Preview	Text (BEBAS PLAGIARISM) 3_skbebasplagiarism.pdf Download (123kB) | Preview
Preview	Text (DAFTAR ISI) 4_daftarisi.pdf Download (122kB) | Preview
Preview	Text (BAB I) 5_bab1.pdf Download (175kB) | Preview
	Text (BAB II) 6_bab2.pdf Restricted to Registered users only Download (500kB)
	Text (BAB III) 7_bab3.pdf Restricted to Registered users only Download (68kB)
	Text (BAB IV) 8_bab4.pdf Restricted to Registered users only Download (318kB)
	Text (BAB V) 9_bab5.pdf Restricted to Registered users only Download (58kB)
	Text (DAFTAR PUSTAKA) 10_daftarpustaka.pdf Restricted to Registered users only Download (64kB)
	Text (LAMPIRAN) 11_lampiran.pdf Restricted to Repository staff only Download (396kB)

Abstract

Sebagai seorang muslim perlu memahami untuk mengonsumsi/menggunakan produk halal dan menghindari yang haram mulai dari sumbernya hingga cara pembuatannya. Permasalahan yang dihadapi oleh konsumen muslim adalah kemungkinan adanya kontaminasi daging babi dalam produk makanan. Namun deteksi kandungan daging babi pada produk olahan ini sulit dibedakan secara makroskopis. Cara analisis kimiawi yang selama ini dilakukan telah terbukti memiliki akurasi dan presisi tinggi. Salah satu metode analisis yang sering digunakan untuk membedakan komposisi asam amino dalam bahan pangan adalah deteksi dengan menggunakan high performance liquid chromatography (HPLC). Namun analisis ini seringkali tidak berhasil menunjukkan perbedaaan secara signifikan, maka diperlukan suatu alternatif untuk melakukan metode deteksi lain yang cukup menjanjikan. Penggunaan deteksi molekuler dengan menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) mulai dikembangkan di era bioteknologi saat ini. Salah satu kunci keberhasilan deteksi dengan PCR adalah pemilihan primer yang akan digunakan. Untuk deteksi DNA babi salah satu gen yang dapat digunakan sebagai marka (penanda) spesifik adalah Gen Cytochrome Oxidase Subunit II (COII). Pada studi literatur ini Allignment Sequens Gen Cytochrome Oxidase Subunit II (COII) dilakukan dengan Blastp kemudian dimasukkan dalam program Primer3Plus dan dilakukan penyejajaran kembali. Analisis lebih lanjut dilakukan dengan Primer3Plus untuk mendapatkan region yang conserved dari sekuen Gen Cytochrome Oxidase Subunit II (COII) yang merupakan kandidat primer (reverse maupun forward) yang kemudian diterjemahkan lebih lanjut menjadi urutan asam amino. Urutan-urutan asam amino yang diperoleh tersebut kemudian dianalisis untuk menentukan panjang basa, Tm (oC) %GC, cross homology, dan hairpin dan didapatkan kandidat primer. Kandidat primer terpilih diuji lebih dulu secara in silico dengan menggunakan FastPCR untuk menentukan posisi penempelan primer pada sekuen Gen Cytochrome Oxidase Subunit II (COII). Hasil analisis menunjukan sintesis primer COII memiliki 5 kandidat primer yang dapat dipilih untuk dibuat dalam skala laboratorium dengan primer terbaik berdasarkan hasil analisis in silico adalah primer dengan sekuen basa 5'- CCAACTAGGCTTCCAAGACG GACGGCTCATGAGTGCAGTA didapatkan hasil %GC sebesar 55% dan Tm sebesar 60oC sesuai dengan literatur.

Actions (login required)

View Item