Rezeki, Melza Aulia Sri (2025) Desain primer multiplex PCR untuk deteksi jamur patogen sebagai upaya peningkatan produktivitas porang (Amorphophallus muelleri). Sarjana thesis, UIN Sunan Gunung Djati Bandung.
|
Text (COVER)
1_Cover.pdf Download (121kB) | Preview |
|
|
Text (ABSTRAK)
2_Abstrak.pdf Download (204kB) | Preview |
|
|
Text (KETERANGAN BEBAS PLAGIARISM)
3_Keterangan bebas plagiarism.pdf Download (224kB) | Preview |
|
|
Text (DAFTAR ISI)
4_Daftar Isi.pdf Download (160kB) | Preview |
|
|
Text (BAB I)
5_Bab I.pdf Download (188kB) | Preview |
|
![[img]](https://digilib.uinsgd.ac.id/style/images/fileicons/text.png) |
Text (BAB II)
6_Bab II.pdf Restricted to Registered users only Download (262kB) |
|
|
Text (BAB III)
7_Bab III.pdf Restricted to Registered users only Download (232kB) |
|
|
Text (BAB IV)
8_Bab IV.pdf Restricted to Registered users only Download (180kB) |
|
|
Text (BAB V)
9_Bab V.pdf Restricted to Registered users only Download (201kB) |
|
|
Text (DAFTAR PUSTAKA)
10_Daftar Pustaka.pdf Restricted to Registered users only Download (181kB) |
|
|
Text (LAMPIRAN)
11_Lampiran.pdf Restricted to Repository staff only Download (206kB) |
Abstract
Porang (Amorphophallus muelleri) merupakan tanaman umbi asli Indonesia yang memiliki nilai ekonomi tinggi karena kandungan glukomanannya. Namun, produktivitas porang mengalami penurunan akibat infeksi jamur patogen yang menyerang organ penting tanaman seperti akar, batang, daun, dan umbi. Oleh karena itu, deteksi dini berbasis molekuler dengan teknik multiplex PCR dapat menjadi strategi efektif dalam pengendalian penyakit tanaman. Penelitian ini dilakukan menggunakan pendekatan in silico untuk mendesain primer multiplex PCR yang menargetkan gen spesifik jamur patogen pada tanaman porang, yaitu gen CAL (Cercospora sp.), gen SIX (Fusarium oxysporum), gen Ypt1 (Phytophthora colocasiae), gen PG1 (Rhizoctonia solani), dan gen TUB2 (Colletotrichum gloeosporioides). Tahapan penelitian diawali dengan pengambilan sekuens gen target dari NCBI, analisis homologi menggunakan BLAST, penyelarasan sekuens konservatif menggunakan MultAlin, serta desain primer secara manual dan otomatis menggunakan Primer3. Uji validasi primer didasarkan pada karakteristik panjang primer, kandungan GC, melting temperature (Tm), annealing temperature (Ta), GC clamp, runs, repeats, dan potensi pembentukan struktur sekunder seperti hairpin, self-dimer, dan cross-dimer. Simulasi in silico PCR dilakukan menggunakan FastPCR untuk menguji spesifisitas dan efisiensi amplifikasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sejumlah kandidat primer tidak lolos uji validasi karakteristik primer karena membentuk struktur sekunder, khususnya self-dimer dan cross-dimer dengan nilai ∆G di bawah batas toleransi (∆G < -6 kcal/mol). Pasangan primer terpilih yang direkomendasikan untuk multiplex PCR terdiri atas PAF2 & PAR3, PBF2 & PBR5, PCF4 & PCR5, PDF5 & PDR1, serta MEF1 & MER1 karena memiliki rentang suhu annealing yang berdekatan (56,3-58,35°C) dan secara in silico masing-masing pasangan primer tersebut berhasil mengamplifikasi fragmen gen spesifik jamur patogen (382 bp gen CAL, 224 bp gen SIX, 258 bp gen Ypt1, 611 bp gen PG1, dan 1039 bp TUB2).
| Item Type: | Thesis (Sarjana) |
|---|---|
| Uncontrolled Keywords: | desain primer; in silico; multiplex PCR; patogen; porang |
| Subjects: | Biology > Auxiliary Techniques and Procedures of Biology, Apparatus, Equipment, Procedures, Microscopy Biology > Data Processing and Analysis of Biology Biochemistry > DNA, Deoxyribonucleic Acid Plant Injuries > Fungus Diseases |
| Divisions: | Fakultas Sains dan Teknologi > Program Studi Biologi |
| Depositing User: | Melza Aulia Sri Rezeki |
| Date Deposited: | 25 Aug 2025 07:01 |
| Last Modified: | 25 Aug 2025 07:01 |
| URI: | https://digilib.uinsgd.ac.id/id/eprint/115760 |
Actions (login required)
 |
View Item |
