Optimasi profil suhu dan waktu PCR untuk deteksi jamur patogen Fusarium oxysporum pada tanaman tomat (Solanum lycopersicum)

Grandisningtias, Gheisya Geiziana (2026) Optimasi profil suhu dan waktu PCR untuk deteksi jamur patogen Fusarium oxysporum pada tanaman tomat (Solanum lycopersicum). Sarjana thesis, UIN Sunan Gunung Djati Bandung.

	Text (SURAT PENGANTAR DIGILIB) 1_Surat Pengantar Digilib.pdf Restricted to Repository staff only Download (469kB)
Preview	Text (COVER) 2_Cover.pdf Download (88kB) | Preview
Preview	Text (ABSTRAK) 3_Abstrak.pdf Download (162kB) | Preview
Preview	Text (SK BEBAS PLAGIARISM) 4_SK Bebas Plagiarism.pdf Download (419kB) | Preview
Preview	Text (DAFTAR ISI) 5_Daftar Isi.pdf Download (150kB) | Preview
Preview	Text (BAB I) 6_Bab I.pdf Download (117kB) | Preview
	Text (BAB II) 7_Bab II.pdf Restricted to Registered users only Download (149kB)
	Text (BAB III) 8_Bab III.pdf Restricted to Registered users only Download (155kB)
	Text (BAB IV) 9_Bab IV.pdf Restricted to Registered users only Download (217kB)
	Text (BAB V) 10_Bab V.pdf Restricted to Registered users only Download (158kB)
	Text (DAFTAR PUSTAKA) 11_Daftar Pustaka.pdf Restricted to Registered users only Download (145kB)
	Text (LAMPIRAN) 12_Lampiran.pdf Restricted to Repository staff only Download (458kB)

Abstract

Penyakit layu fusarium yang disebabkan oleh Fusarium oxysporum merupakan faktor utama yang menurunkan produktivitas Tanaman Tomat (Solanum lycopersicum). Optimasi profil suhu dan waktu PCR untuk deteksi F.oxysporum pada tanaman tomat terinfeksi perlu dilakukan sebagai langkah awal membangun sistem deteksi dini patogen jamur yang akurat, cepat, dan efisien guna mendukung pengendalian penyakit layu fusarium. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan profil suhu dan waktu PCR paling optimum menggunakan primer universal Internal Transcribed Spacer (ITS) ITS1 dan ITS4, serta mengevaluasi keberhasilan amplifikasinya. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental yang meliputi isolasi DNA dengan metode cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) dari isolat murni jamur Fusarium oxysporum dan jaringan daun terinfeksi, diikuti amplifikasi PCR yang dilakukan dengan 4 profil suhu dan waktu berbeda yang berfokus pada tiga tahap utama yaitu denaturation, annealing, final extension, dan keberhasilan amplifikasi dideteksi dengan elektroforesis gel agarosa dan Geldoc UV transilluminator. Hasil isolasi DNA menunjukkan sampel isolat jamur menghasilkan kemurnian ideal (1,852–1,899) dengan konsentrasi tinggi 49,13–116,91 ng/µL, sedangkan sampel daun terinfeksi menghasilkan konsentrasi lebih tinggi, yaitu 92,30–1.103,68 ng/µL, namun dengan kemurnian lebih rendah (0,847–1,556) akibat kompleksitas komponen biologis tanaman. Keempat profil PCR, berhasil menghasilkan amplikon pada kisaran ukuran target ±500–600, sesuai dengan ukuran target wilayah ITS rDNA F.oxysporum, dengan hasil konsisten pada seluruh sampel isolat jamur, namun hasil pada sampel daun bervariasi. Tingkat keberhasilan amplifikasi berbeda pada setiap profil : Profil PCR 1 (0%), Profil PCR 2 (37,5%), Profil PCR 3 (62,5%), dan Profil PCR 4 (12,5%). Profil PCR 3 dengan initial denaturation 94°C, 2 menit (1x); denaturation 94°C, 30 detik (35x); annealing 55°C, 1 menit (35x); extention 72°C, 1 menit (35x), final extention 72°C, 8 menit (1x) merupakan profil PCR paling optimal diantara 4 profil yang diuji, karena berhasil mengamplifikasi wilayah Internal Transcribed Spacer (ITS) F.oxysporum pada seluruh sampel isolat murni jamur (J1-J4) serta satu sampel jaringan daun tomat terinfeksi (D1), dengan menghasilkan pita DNA tunggal yang tegas dan spesifik tanpa disertai pita nontarget.

Actions (login required)

View Item